À l’intérieur de la commission d’enquête, il y avait bien des distorsions et des différends profonds pour la nomination des vrais coupables. Les différents membres avaient tous cédé aux pressions et aux intimidations des généraux, sauf Youssef Fathallah qui refusa jusqu’à la dernière minute de signer le rapport final, dans lequel il voulait inclure la responsabilité des dirigeants des corps de sécurité et à demander leurs démissions comme conséquence logique au drame. Kamel Rezag Bara, bien sûr, ne manqua pas de rapporter les plus petits détails à ses chefs de la DRS. Il joua ainsi un rôle très important dans le meurtre de Youssef Fathallah (dans son bureau de la place Emir Abdelkader) un an et demi plus tard, lorsque ce dernier commença à écrire son propre rapport sur l’affaire Boudiaf.
Un problème se posa quant à l’instruction de cette affaire, et le juge d’instruction d’Annaba déclara l’incompétence de la juridiction civile face à ce dossier qui était normalement du ressort militaire. Mais le directeur central de la justice militaire de l’époque Mohamed Elallem (après avoir reçu des ordres du général Khaled Nezar) déclara à la presse que cette affaire était du ressort de la juridiction civile.Presque un mois après le meurtre du president, la Chambre d’accusation du tribunal d’Annaba décida que le tribunal d’Annaba était territorialement compétent, cette décision était basée sur l’article 40 du code pénal.
En fait, les généraux qui avait planifié cet assassinat étaient vite aperçus qu’il fallait à tout prix laisser la justice civile s’occuper de cette affaire par souci de transparence vis-à-vis du peuple qui sentait le complot d’une part, et des instances internationales d’autre part; mais plus important encore : des voix étaient levées et la rue accusait déjà le général Larbi Belkheir qu’elle désignait comme le premier responsable du meurtre, ce qui l’avait poussé “alors ministre de l’Intérieur” à déclarer à la presse nationale : “ni le ministre de l’Intérieur, ni son ministère ne pouvaient être mis en cause dans les événements tragiques d’Annaba qui coûtèrent la vie au president “.
Une vraie course contre la montre était engagée face aux Algériens qui dénonçaient le complot de la sphère politico-financière contre un des symboles de la révolution mais plus simplement contre l’espoir d’un peuple en déperdition.
Le procureur général du parquet d’Annaba: Mohamed Tighramt, chargé officiellement d’instruire ce dossier ordonna la poursuite de l’enquête par les officiers de la police judiciaire de la gendarmerie nationale et la reconstitution des faits fut fixée pour la première semaine du mois d’août 92. Les équipes du SSP et du GIS (munis comme d’habitude de leurs armes) se rendirent le samedi matin de la première semaine d’août à Annaba, Boumaarafi fut conduit par avion quelques jours plutôt.
La reconstitution se déroula en présence des officiers de la gendarmerie nationale ainsi que plusieurs autres personnalités en plus du juge d’instruction , mais la surprise vint à la fin de la reconstitution qui avait duré plus de cinq heures, lorsque le juge annonça l’arrestation des membres du SSP et du GIS. La surprise était de taille et les membres des services de sécurité refusèrent de rendre leurs armes aux gendarmes. À un moment donné un membre du GIS braqua son pistolet mitrailleur Beretta contre les gendarmes qui essayèrent de désarmer le commandant Hamou: chef du GIS, furieux après ce qu’il venait d’entendre de la part du juge. Le commandant Hadjres demanda à passer un coup de fil à la direction (DRS); de sa communication avec le général Toufik il n’eut que des insultes et un ordre de se plier à la loi; un langage nouveau que le commandant du SSP n’avait jamais entendu de sa vie. Devant l’insistance des commandants Hadjres et Hamou, les éléments officiers et sous officiers qui les accompagnaient rendirent leurs armes aux gendarmes et se constituèrent prisonniers. Il furent conduits menottes aux mains vers le poste de gendarmerie où ils passèrent plus d’une semaine.
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