Le plan d’un jeune architecte inconnu, Michael Arad, a été choisi parmi les 5.201 propositions reçues à l’issue du plus grand concours d’architecture jamais lancé. Baptisé « Reflecting Absence », il a été largement revu et amendé par l’architecte chargé de la reconstruction d’ensemble du WTC Daniel Libeskind et avec l’arrivée d’un paysagiste californien, Peter Walker.
Comme le prévoyait le projet original, le mémorial tournera autour des fondations des tours jumelles, grands carrés vides entourés de cascades. Ont été ajoutés tout autour un grand pan de verdure et en sous-sol, un « Memorial Centre », auquel les visiteurs pourront accéder par une rampe. Y seront rassemblées des traces des attentats du 11 septembre 2001: véhicules de pompiers, colonnes d’acier tordu, morceaux de l’antenne de télécommunications installée au sommet d’une des tours, et peut-être la sculpture de Fritz Koenig qui se trouvait sur la place du WTC. En fin de rampe, à douze mètres sous terre, sera installé un conteneur de pierre réunissant les restes de victimes non identifiés. Deux autres pièces sont prévues, l’une réservée aux familles, l’autre au public, pour s’y recueillir ou déposer des fleurs à la mémoire des quelque 2.980 victimes, de New York, du Pentagone et de l’avion détourné tombé en Pennsylvanie. Le mémorial prendra sa place au coeur du nouveau WTC, dont la reconstruction devrait prendre dix ans. La première pierre de la « Tour de la liberté », élément central, devrait être posée avant le 3e anniversaire des attentats. Le dernier des quatre autres gratte-ciel de bureaux devrait être achevé en 2013. Pour le président du jury, Vartan Gregorian, le plan choisi est « à la fois fort et simple », rendant l’absence criante à travers ces « empreintes vides » tandis que les arbres sont « l’affirmation de la vie ».
Certains dénoncent cependant la froideur du projet. Sujet épineux, la conception du mémorial a, dès le début, été source de controverses.